日本のインターネットは、 日本の学術組織間を結ぶ研究用コンピュータネットワークの皮切りであるJUNETや、 それに続いて開始されたWIDE、TISN、 JAINなどの学術IPネットワークを起源とします。 その後、国内インターネットの規模の拡大に対応し、登録管理、 情報提供業務を行う組織として1991年の暮れにJNICが設立されました。 これが、JPNICの前身となります。 JNICは、それまで曖昧なルールで行われていたJPドメイン名の登録を、 文書化されたルールに従って行うようにし、 登録業務は適切なスピードで行われるようになりました。

1992年頃になると、 近い将来に予想される商用インターネットの大発展に備えてドメイン名やIPアドレスの登録管理業務を財政的な裏付けを伴うかたちで安定的に運営する必要性が認識され、 1993年、プロバイダを会員として会費によって運営する任意団体JPNICへと改組しました。

その後、 インターネットは情報通信基盤として社会的に注目されるようになり、 急速に普及し始めます。 そのような流れの中、1997年3月にJPNICは社団法人化し、 社会的な責任を持った公益法人となりました。

社団法人化の後も、インターネットは更なる普及を遂げ、 ビジネスや日常の生活においての利用が爆発的に増大しました。 それに伴い、 ドメイン名に対する要求の多様化が顕著になってきました。 そのような変化に対応し、JPドメイン名の利便性を高めるために、 2000年12月に株式会社日本レジストリサービス(JPRS)を設立、 ICANNとのccTLDスポンサ契約締結後、 2002年4月にはJPドメイン名登録管理業務をすべて移管し、 現在に至ります。 JPNICはIPアドレスなどのインターネット資源管理や、調査研究、 情報提供、国際連携などの業務を行うことで、 インターネットの健全な発展に貢献しています。